نیروی دریایی سپاه به پیشنهاد محسن رضایی و فرمان رهبر کبیر انقلاب و به فرماندهی حسین علایی در سال ۱۳۶۴ تشکیل شد.

این نیرو به سرعت با استراتژی قایقهای تندرو در عملیات‌های مختلف جنگ از جمله والفجر ۸ فتح اسکله الامیه درگیری با نیروی دریایی آمریکا توسط نادر مهدوی در مهر ۱۳۶۶ وهمچنین گشتهای پراکنده در خلیج فارس و تنگه هرمز به تجربه اندوزی پرداخت و آرام آرام به یک نیروی تاثیرگذار تبدیل گشت.

در سال ۶۹ علی شمخانی به فرماندهی مشترک نیروی دریایی ارتش و سپاه منصوب شد و برای بازسازی توان تحلیل رفته آنها تلاش کرد. در این زمان تسلیحاتی چون زیردریایی کلاس کیلو، شناور تندرو هودونگ، موشکهای دریایی c۸۰۲ و c۷۰۱ و کرم ابریشمFL۱۰، قایقهای توپدار سریع السیر و... به سازمان رزم نیروی دریایی پیوست.

در دوران فرماندهی سرلشکر صفوی بر سپاه و دریادار صفاری این نیرو بسیار قدرتمند شد.

لازم به ذکر است در حادثه ۳ فروردین ۱۳۸۷ ۸ ملوان و ۷ تفنگدار بریتانیایی از ناو کورنووال وارد آبهای ایران شدند که بلافاصله به محاصره پاسداران پایگاه اروند سپاه در آمده و بدون هیچ مقاومتی تسلیم شدند.

ستاد فرماندهی نیروی دریایی سپاه در سرخه حصار تهران و مناطق یکم بندرعباس، دوم بوشهر، سوم ماهشهر، چهارم چالوس و پایگهای آن اروندکنار، عسلویه، چابهار، جزیره خارک، فارسی، لارک و تنب می‌باشد.

لازم به ذکر است به دلیل شراط خاص جزیره ابوموسی و مشکلات موجود با امارات بر سر مالکیت آن حفاظت از آن توسط سپاه به شدت انجام می‌شود و اطراف آن به یک دژ موشکی هدایت شونده خودکار و پدافندی سنگین مجهز شده‌است.

این نیرو هم اکنور دارای بیش از ۱۰۰۰ قایق فوق سریع کلاس عاشورا، طارق، ذوالجناح می‌باشد. کنترل دریایی خزر و عمان نیز به ارتش واگذار شده‌است.

فرماندهی این نیرو هم اکنون بر عهده سردار دریادار پاسدار علی فدوی و فرمانده منطقه یکم بندر عباس که مجهزترین مقر آن است بر عهده دریادار تنگسیری می‌باشد.

قایق های تندرو سپاه

سپاه دارای قایق های تندرو متفاوتی است و همچنین سپاه از دست یابی به سریعترین قایق تندرو جهان بصورت جنگی در سال ۱۳۹۰ هجری شمسی خبر داده است.این قایق های تندرو در واقع سریعترین قایق های تندرو جهان هستند که قبل از قایق جنگی شدن بصورت قایق مسابقه ای بود.