نیروی دریایی سپاه به پیشنهاد محسن رضایی و فرمان رهبر کبیر انقلاب و به فرماندهی حسین علایی در سال ۱۳۶۴ تشکیل شد.
این نیرو به سرعت با استراتژی قایقهای تندرو در عملیاتهای مختلف جنگ از جمله والفجر ۸ فتح اسکله الامیه درگیری با نیروی دریایی آمریکا توسط نادر مهدوی در مهر ۱۳۶۶ وهمچنین گشتهای پراکنده در خلیج فارس و تنگه هرمز به تجربه اندوزی پرداخت و آرام آرام به یک نیروی تاثیرگذار تبدیل گشت.

در سال ۶۹ علی شمخانی به فرماندهی مشترک نیروی دریایی ارتش و سپاه منصوب شد و برای بازسازی توان تحلیل رفته آنها تلاش کرد. در این زمان تسلیحاتی چون زیردریایی کلاس کیلو، شناور تندرو هودونگ، موشکهای دریایی c۸۰۲ و c۷۰۱ و کرم ابریشمFL۱۰، قایقهای توپدار سریع السیر و... به سازمان رزم نیروی دریایی پیوست.........